In direzione nord a circa tre chilometri e mezzo da Cortona, incorniciato in uno scenario naturalistico mozzafiato sorge il Convento delle Celle, uno dei primi insediamenti francescani scelto e voluto da Francesco di Assisi. Trovatosi a predicare presso Cortona nel 1211, infatti, Francesco domandò ed ottenne un luogo nel quale potersi ritirare in preghiera: gli venne offerto un luogo aspro e privo di qualsivoglia insediamento umano.

Francesco tuttavia lo scelse proprio per la solitudine che gli donava e soprattutto perché particolarmente espressivo del suo Signore. Probabilmente fin da subito nel luogo detto de “Le Celle” rimase un piccolo drappello di frati a custodia di un sito da subito così caro a Francesco. Egli vi tornò nel 1215 per trascorre la Pasqua, dopo aver vissuto la quaresima sull’isola Maggiore del lago Trasimeno.

Un’ultima testimonianza vuole che qui il Santo sia rimasto qualche giorno qui alla vigilia della sua morte, durante il viaggio di ritorno verso Assisi. Nel 1235, dopo la morte di Francesco, Frate Elia, Ministro generale dell’Ordine dei Minori, originario di Cortona, comincia a costruire nel luogo in cui il Poverello amava trascorrere nel silenzio le sue permanenze cortonesi la prima porzione del santuario. Costruisce in muratura la Cella e l’Oratorio di S. Francesco. Al di sopra edifica un piccolo refettorio e cinque cellette delle dimensioni della cella del Santo, dove egli stesso trascorrerà l’ultima parte della sua vita.

Nel 1528 vi entrarono i Cappuccini, che misero mano ad una serie di allargamenti che nel tempo hanno portato alla struttura attuale: la chiesa conventuale e il corridoio del noviziato con 20 cellette, sempre di due metri per due. Attualmente il convento de “Le Celle” è stato costituito “casa di preghiera”. Aperto da mattina a sera sia ai visitatori che ai pellegrini, il convento è visitabile per la sua gran parte.