Il complesso monumentale costituito dalla chiesa e dal convento di San Francesco sorge su un imponente terrazzamento noto come “Bagno della Regina”, forse sede di antiche terme romane. Intorno al 1245 Frate Elia qui costruisce la Chiesa ed un’ala del convento ma successivi interventi si susseguiranno fra il XVI e il XVII secolo. La facciata disadorna presenta il portale originale e il rosone in parte chiuso, l’interno è a navata unica; l’altare più antico è sormontato da un tabernacolo in marmo di stile barocco opera di Bernardino Radi (1619) e contiene il reliquiario della Croce Santa, contenente un frammento della Santa Croce donato a Frate Elia dall’imperatore d’Oriente durante la sua visita a Costantinopoli come ambasciatore di Federico II.

Interessante all’interno la tomba in stile gotico del vescovo Ranieri Umbertini (1360) e una serie di quadri (Pietro Berrettini, Cigoli). Un’epigrafe dietro l’altare segnala la tomba di Frate Elia mentre la tradizione, ad oggi non confermata da ritrovamenti, vuole che anche Luca Signorelli fosse sepolto nella cripta della Chiesa.